Caractérisation de la microflore des raisins par méthodes FISH et PCR-TTGE - Application à la résolution des goûts terreux dans les vins

/ Depuis quelques années, des déviations aromatiques qualifiées de terreuses ou moisies sont observées dans les vins de plusieurs régions viticoles françaises, en Beaujolais, dans le Val de Loire ou dans le Bordelais. Tous les types de vins peuvent être touchés. La principale molécule responsable de ces altérations est la géosmine. Elle est vraisemblablement produite très précocement à la vigne, par des micro-organismes présents sur les raisins. Par ailleurs, divers micro-organismes sont connus pour produire cette molécule, comme des bactéries actinomycètes, appartenant notamment au genre Streptomyces ou des moisissures du genre Penicillium. Nous avons mis au point des outils méthodologiques pour la détection simple, rapide et précoce des micro-organismes responsables de la production des molécules à l'origine des défauts terreux dans les vins. La technique FISH est utilisée pour la détection précoce des Streptomyces sur les raisins grâce à la sonde HGC. Cependant, aucun Streptomyces n'est détecté par la méthode FISH sur nos échantillons de raisins, bien qu'ils soient vraisemblablement présents, puisqu'ils ont été détectés par méthodes de microbiologie classique. La présence de spores de moisissures très majoritaires masque vraisemblablement la présence de ces micro-organismes. Concernant les moisissures, la détection des espèces productrices de géosmine n'est pas possible par la technique FISH par manque de sondes spécifiques. Nous avons donc développé la méthode PCR-TTGE pour la détection des moisissures présentes sur les raisins. Un référentiel d'espèces de moisissures a été constitué afin d'une part, d'évaluer les potentialités de la méthode pour discriminer les différentes espèces présentes sur les raisins, et d'autre part, de pouvoir identifier rapidement les espèces présentes dans un échantillon complexe. L'analyse des séquences ITSI permet de différencier une partie des espèces de moisissures du référentiel, mais des comigrations ont lieu, en particulier au sein du genre Penicillium. Cela peut conduire à sous-estimer la diversité de l'échantillon. Toutefois, le référentiel est utilisé pour assigner les bandes obtenues dans les profils des échantillons de vendanges. L'application de cette méthode à des échantillons de raisins a permis de décrire la flore fongique présente à leur surface en fonction de différents facteurs. La variabilité de la microflore mise en évidence en fonction des régions viticoles ou du millésime est relativement limitée. Les différences les plus marquées sont celles observées sur une même parcelle en fonction du stade de maturité. De nombreuses espèces de moisissures sont présentes sur les raisins même Si celui-ci ne présente pas d'altérations visibles. La diversité qualitative des espèces de moisissures présentes sur une parcelle est proche d'une année sur l'autre, mais les conditions environnementales et notamment climatiques entraînent selon l'année des équilibres quantitatifs différents entre les espèces présentes. La caractérisation de la microflore fongique des raisins a également permis d'isoler différentes souches de moisissures productrices de géosmine. Parmi ces souches productrices, on note la présence d'espèces du genre Aspergillus, de Botrytis cinerea, et d'au moins huit espèces de Penicillium. Cependant, le défaut terreux n'est pas systématiquement retrouvé dans les vins issus des parcelles où des espèces productrices ont été détectées. Vraisemblablement, la présence d'espèces productrices n'est pas une condition suffisante pour engendrer systématiquement le défaut dans les vins. Différents facteurs influencent sans doute la production de géosmine par les souches, comme leur quantité sur les raisins, leur stade de développement, leur état physiologique ou la présence de certains composés précurseurs. Ces facteurs restent à étudier afin de comprendre quels paramètres conditionnent la production de géosmine sur les raisins.