Recherche de marqueurs de contamination spécifiques des effluents d'élevages porcins

/ L'épandage du lisier peut conduire à une contamination des eaux de surface qui peut être préoccupante lorsqu'elle atteint les zones sensibles telles que les eaux de baignade ou les zones conchylicoles. Par ailleurs, la nouvelle directive européenne 2006/7/CE demande aux Etats membres d'établir des profils de baignade nécessitant une hiérarchisation des sources de pollution. Il est donc nécessaire de posséder des outils permettant d'identifier l'origine de la contamination qui est essentiellement produite par les humains, les bovins et les porcins. Dans le contexte de la Bretagne qui concentre 63% de la production porcine nationale, nous avons axé notre travail sur la recherche d'un indicateur de contamination porcine en utilisant des techniques de biologie moléculaire. Dans un premier temps, nous avons étudié le comportement des populations bactériennes dominantes des lisiers par une technique d'empreinte génétique (la CE-SSCP) afin de rechercher des espèces dont la présence soit systématiquement retrouvée dans tous les types de lisiers. Deux espèces, Bifidobacterium thermacidophilum subsp. porcinum et Lactobacillus sobrius/amylovorus ont été mises en évidence dans l'ensemble des lisiers analysés. La spécificité de B. thermacidophilum subsp. porcinum a été évaluée en PCR nichée avec des amorces qui ont été dessinées en ciblant la région intergénique 16S-23S. Des amorces de la littérature ont été utilisées pour quantifier L. sobrius/amylovorus en PCR en temps réel. Les deux marqueurs se sont avérés spécifiques puisqu'ils n'ont été détectés ni dans les fèces bovines et humaines ni dans les eaux usées urbaines. La persistance de L. sobrius/amylovorus a été évaluée en collaboration avec l'Ifremer de Brest, dans des microcosmes constitués d'eau de rivière ensemencée avec du lisier en présence ou non d'oxygène et à deux températures (4 et 20°C). Les résultats de l'étude ont montré que l'augmentation de la température et du taux d'oxygène diminuait la survie du marqueur dans l'eau. Etant donné la spécificité de L. sobrius/amylovorus et sa persistance qui est proche de celles des indicateurs conventionnels de pollution, cette espèce que nous avons détectée dans les eaux de surface, paraît être un marqueur pertinent de contamination porcine.