Mise au point d'une technique PCR-TTGE pour la détection spécifique des moisissures du raisin

Fungi are suspected to cause off-flavors in wine. Identifying fungi using traditional isolation techniques is long and difficult. The aim of my DEA was to develop a new method for identifying these fungi, based on direct analysis of fungal DNA from a complex environmental sample. Using Temporal Temperature Gradient Electrophoresis (TTGE), it is possible to detect quickly and accurately fungi from an environmental sample, based on the data from reference species. In this project, we set up optimal conditions for the amplification of the ITS1 region of fungal ribosomal DNA, as well as for the separation of these sequences by TTGE. Variations in ITS1 region of rDNA indeed discriminate between different species of fungi. We developed a reference base of 21 strains of fungi from the genus Botrytis, Penicillium and Aspergillus. We found TTGE to be a promising technique for the rapid detection of fungi. / Des moisissures sont suspectées d'être à l'origine des altérations organoleptiques dans les vins. L'identification des moisissures par les méthodes traditionnelles de culture est longue et difficile. Mon travail de DEA a consisté à mettre au point une nouvelle méthode basée sur l'analyse directe de l'ADN des moisissures dans un échantillon complexe. La TTGE ou Temporal Temperature Gradient Electrophoresis permet en effet, par la mise en place d'un référentiel d'espèces, de détecter plus rapidement et plus spécifiquement des moisissures en mélange. Nous avons mis au point les conditions optimales pour l'amplification de la séquence ITS1 de l'ADN ribosomique des moisissures, puis la séparation de ces séquences par la méthode TTGE. La région ITS1 de l'ADNr semble être une région discriminante pour différentes espèces de moisissures. Nous avons pu constater un référentiel de 21 souches de genres : Botrytis, Penicillium et Aspergillus. En effet, la TTGE est une technique prometteuse pour la détection rapide des moisissures.