Caractéristaion de la flore fongique des raisins par la méthode PCR-TTGE

Earthy-musty tastes appeared in French wines a few years ago. These tastes are due to a molecule produced by several fungi : the geosmin. A rapid method (PCR-TTGE) was perfected in order to characterize the fungal flora on grapes. The method is based on a mechanical DNA extraction, followed by the ITS1 sequences amplification by PCR, the migration of these sequences under a temporal temperature gradient. The obtained profiles are identified by comparison of a reference set of species belonging to the vine ecosystem. So this method allows to detect strains in the majority (concentration of spores above one million spores/mL) in complex samples and to assign them to a species level. The report describes the PCR-TTGE method, its sensitivity, its selectivity, and presents the results of the analysis of samples taken during vintage 2004. / Des goûts moisi-terreux sont apparus il y a quelques années dans certains vins français. La molécule mise en cause est la géosmine, produite par certaines moisissures. Une méthode rapide, la méthode PCR-TTGE, a été mise au point pour caractériser la flore fongique des raisins. Elle est basée sur une extraction mécanique de l'ADN, puis amplification par PCR des séquences ITS1, la migration des séquences selon un gradient temporel de température, et l'assignation des profils obtenus par comparaison avec un référentiel de souches appartenant à l'écosystème de la vigne. Ainsi la méthode permet de détecter les souches majoritaires (concentration en spores supérieure à un million de spores/mL) d'un échantillon complexe et de les assigner à l'échelle de l'espèce. Le rapport décrit la méthode PCR-TTGE, sa sensibilité, sa sélectivité, et présente les résultats de l'analyse d'échantillons des vendanges de 2004.