Aspect sanitaire des boues de stations d'épuration : étude du comportement des germes d'origine entérique dans les boues

/ L'épandage agricole des boues de stations d'épuration ne sera possible qu'à condition de pouvoir garantir aux collectivités qui ont produit les boues, mais aussi aux agriculteurs et aux consommateurs, l'innocuité de cette pratique. Le risque microbiologique engendré par l'utilisation des boues dépend notamment du traitement qui leur a été appliqué ainsi que de la concentration et de l'état physiologique des micro-organismes pathogènes qu'elles renferment. Dans ce contexte, les travaux de recherche, menés au sein du Laboratoire des Sciences de l'Environnement et de l'Aménagement (UMR MA 105 Paysages et Biodiversité) de l'Université d'Angers, ont abordé l'aspect sanitaire des boues par deux approches, l'une écologique et l'autre méthodologique. L'approche écologique a consisté à comparer l'effet de deux filières de valorisation des boues (l'épandage direct et le compostage) sur la survie de micro-organismes d'origine entérique. La présence de germes pathogènes tels que Salmonella et Listeria monocytogenes dans les boues stockées en silo, suggère l'existence d'un risque sanitaire lié à l'épandage des boues non hygiénisées, risque confirmé par la mise en évidence de bactéries indicatrices de contamination fécale dans le sol, deux mois après l'épandage des boues. Le compostage, qui a réduit de 4 unités logarithmiques les concentrations en indicateurs fécaux, constitue une filière attractive de valorisation dans la mesure où il permet d'obtenir un produit hygiénisé selon les critères réglementaires, et qu'il possède en outre, une bonne valeur agronomique. Nous avons par ailleurs montré que les micro-organismes étudiés présentaient des survies différentes, soulignant ainsi la difficulté d'évaluer le danger microbiologique à l'aide de germes indicateurs de traitement. L'approche méthodologique était consacrée à la mise au point de méthodes de détection de Listeria monocytogenes, germe pathogène en émergence. Un protocole, adapté de la norme alimentaire AFNOR V08-055, a été développé. Il consiste en un ensemencement des boues dans un milieu d'enrichissement, suivi d'une capture immunomagnétique. L'espèce L. monocytogenes est ensuite identifiée par la détection du gène de virulence hlyA ou par la mise en évidence de la phosphatidyl-inositol phospholipase C. La détection de L. monocytogenes reste dépendante de la phase d'enrichissement qui sélectionne les bactéries cultivables ce qui conduit alors à une sous-estimation de la population viable. Malheureusement, les techniques de coloration destinées à la détection des formes viables non cultivables de L. monocytogenes, ne sont pas applicables directement sur les boues. La technique de PCR quantitative sous-estime également le nombre réel de cellules en raison de pertes lors de l'extraction de l'ADN et de la présence d'inhibiteurs qui perturbent le système de PCR. La méthode culturale, malgré ses limites, reste donc dans l'état actuel de nos connaissances, la technique la plus adaptée à la détection des bactéries pathogènes dans les boues.