Appliquer les outils moléculaires de détection de l'ADNr 16S à l'analyse des effluents d'élevage

The microbial community evolution of swine manure was monitored within a piggery for a period of 6 months. Samples were withdrawn over all the manure management process: breeding house pits, homogenised storage pit, inlet and outlet of the compressor screw, storage pond, and finally soil before and after spreading of the treated manure. The microbial community was monitored using three different methodologies. The first one was cultural enumeration of indicative and pathogenic bacteria. The second one was 16S rRNA- targeted PCR-SSCP molecular typing method for the visualisation of total bacteria and specific microbial groups. The third one was real time PCR for the detection of a group of Streptococcus alactolyticus related sequences. All approaches showed that a simple anaerobic storage is not sufficient to eliminate faecal microorganisms from manure and that several microbial groups persisted all along the manure management process. However, strong qualitative and quantitative microbial population changes were observed when manure was shifting from one step of the process to another one (ex. going from the storage pit to the pond). Finally, microorganisms present within the effluent before field spreading were not detectable anymore within soil after spreading, whatever the technique used. / L'évolution de la communauté microbienne d'un lisier de porcs a été suivie dans une porcherie pendant une période de 6 mois. Des échantillons ont été prélevés à toutes les étapes du processus de gestion du lisier : dans les préfosses du bâtiment d'élevage, dans la fosse de stockage, en entrée et sortie de vis compacteuse, dans la lagune de stockage et finalement dans le sol avant et après épandage. La communauté microbienne a été suivie en utilisant trois méthodologies différentes. La première était l'énumération culturale des bactéries indicatrices et pathogènes. La seconde était le typage moléculaire par PCR-SSCP des ARN ribosomiques 16S pour la visualisation des bactéries totales et de groupes microbiens spécifiques. La troisième était la PCR en temps réel pour la détection d'un groupe proche de Streptococcus alactolyticus. Toutes les approches ont montré qu'un stockage anaérobie simple n'est pas suffisant pour éliminer les micro-organismes fécaux du lisier et que plusieurs groupes microbiens persistent tous le long du processus de gestion du lisier. Cependant, des changements importants qualitatifs et quantitatifs de la communauté microbienne du lisier ont été observés lors du passage du lisier d'une étape du processus à une autre (ex. passage de la fosse de stockage à la lagune). Enfin, les micro-organismes présents dans l'effluent avant l'épandage sur les terres agricoles n'étaient plus discernables dans le sol après épandage, quelle que soit la technique employée.